Contestualmente all'istituzione del libero Comune, sorse a Perugia lo Studio, una fra le prime Università libere d'Italia.
La data ufficiale che sancisce la nascita dello Studio Generale di Perugia è l'8 settembre 1308, presente nella bolla papale Super Specula di Clemente V. La bolla molto probabilmente ufficializzò uno stato di cose che in realtà era presente almeno fin dai primi anni dell'XI secolo, quando erano attive scuole in cui si impartivano lezioni dell'arte medico chirurgica.
L'università nacque a partire da scuole libere, ovvero cattedre gestite da privati cittadini che si tramandavano di generazione in generazione l'ufficio, accogliendo gli scolari presso le proprie abitazioni.
L'istituzione dello Studio Generale avvenne per strade del tutto diverse da quelle seguite dalle università sorte in precedenza a Bologna e a Napoli. La prima fu una creazione autonoma degli scolari, i quali scelsero e finanziarono liberamente i propri docenti. La seconda nacque per volontà imperiale, anche se controllata dagli ordini religiosi.
A Perugia l'università si sviluppò all'ombra delle istituzioni comunali, le quali si fecero garanti della libertà dell'insegnamento.
Le relazioni fra le università di Perugia e quella di Bologna furono sempre molto strette, con scambio di scolari e di medici, categoria che abbondava ed eccelleva nella città. Fu proprio l'arte medica a conferire lustro ed autorità allo Studio di Perugia. Come Bologna fu giuridica, Parigi teologica, Napoli imperiale e Firenze umanistica, Perugia fu eminentemente medica.