La storia della città di Perugia nell'epoca successiva sembra avvolta nell'oscurità. Non una riga spesa dagli storici, notizie incerte e distorte, segno probabilmente di un ruolo inevitabilmente minore.
Ciò che si può dire con certezza è che, esclusi brevi periodi, Perugia rimase sotto il costante dominio dei Bizantini, anche per volere del pontefice, sotto la quale orbita gravitava la città.
I secoli che vanno dal VI al X non sono ricchi di avvenimenti neanche per i personaggi che affollano la città, stretti fra le varie lotte di duchi e marchesi. In un periodo di grande incertezza ed inquietudine, l'unico punto certo di riferimento rimasero i vescovi ed il clero, vero contrappeso al turbinio di cambiamenti politici in grado di apportare un minimo di sollievo alla popolazione schiacciata dalle frequenti lotte di potere.
Verso la fine del X secolo appare la figura di Pietro Vincioli, un nobile perugino abate dell'Ordine Benedettino, che si adoperò per la costruzione della chiesa e del monastero di San Pietro, edificati nel 946 sopra le rovine di quanto rimaneva della precedente costruzione, la prima cattedrale della città, donando inoltre terre, chiese e castelli che costituirono il primo nucleo del patrimonio terriero benedettino.