A partire dall'anno 1000 si ha anche a Perugia un tenue movimento di rinascita, un brulichio di vita che torna a scorrere con rinnovata energia. Anche la notizia dello scoppio di una rivolta della plebe contro i nobili, sette anni dopo il 1000, è il segnale di una società che non si arrende ai soprusi.
Già dal 972 la città era retta dai Consoli, istituiti nel numero di cinque, ma destinati ad aumentare, preparando l'avvento del libero Comune. La distanza da Roma e la libertà di cui Perugia godeva fin dal tempo della dissoluzione dell'Impero Romano, permise alla città di non ricadere direttamente sotto il controllo del papato. Tale libertà viene sottolineata da Enrico VI, allorquando nel 1186, durante l'assedio di Orvieto, per separare Perugia dalla parte guelfa, riconosce la magistratura quale istituzione autonoma della città, riconoscendo il diritto ai perugini di eleggersi i propri consoli.
Il governo dei Consoli durò all'incirca fino al XIII secolo, garantendo un'amministrazione oculata, assicurando una certa stabilità ed una costante espansione territoriale. Con il consenso della Chiesa, che desiderava un alleato forte pronto a battersi al proprio fianco, Perugia realizzò una serie di annessioni, culminata con la presa di Castiglion del Lago nel 1184, fortezza necessaria per il dominio sul lago Trasimeno.
Le già buone relazioni con la Chiesa migliorarono ulteriormente con l'elezione di Innocenzo III nel 1198. Il pontefice giunse a Perugia per consacrare l'altare maggiore di San Lorenzo, occasione in cui la città confermò la propria fedeltà al papa, stato che garantì a lungo libertà e ulteriori possibilità di espansione.

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