La città che dopo Roma ebbe il maggiore sviluppo della fede cristiana fu proprio Perugia, a causa della vicinanza alla capitale e alla presenza della via Flaminia, grande canale di comunicazione che facilitò la penetrazione della nuova religione soprattutto nelle città che sorgevano accanto alla trafficata arteria.
Già nel 313, quando Costantino emanò il celebre editto della Donazione a papa Silvestro, gli umbri erano la maggioranza rispetto ai pagani, mentre i primi martiri e vescovi risalgono ad un'epoca ancora precedente, con l'elezione di San Costanzo datata al 171, e successiva martirizzazione, avvenuta nel 175.
Con la politica di Costantino anche a Perugia si ebbe un periodo di maggiore tranquillità, grazie alle concessioni operate a favore dei cristiani, chiudendo un periodo di grande repressione che aveva contraddistinto la politica degli imperatori da Nerone in poi.
Sorsero i primi tempi cristiani, il San Giovanni Rotondo, sostituito nel XVII secolo con la Chiesa di San Filippo Neri, poi ancora il Tempio di Sant'Angelo, nel V secolo, la prima cattedrale e il primo cimitero, fino ad arrivare al IX secolo con l'edificazione della chiesa protoromantica di San Pietro.