La città di Perugia ha da sempre vissuto un rapporto conflittuale con l'autorità ecclesiastica.
Nel periodo di espansione del cristianesimo, fu una delle prime città a recepire la predicazione dei primi martiri, grazie anche alla vicinanza con Roma, il principale centro di diffusione del cristianesimo.
In epoca successiva, la città non fu da subito sotto il rigido controllo dello Stato della Chiesa, mantenendo sempre una forte autonomia, seppur mai totalmente svincolata da un sia pur minimo controllo o appoggio dei vari pontefici.

Sant' Agata - Via dei Priori
E' una chiesa di origini antichissime, già menzionata in un diploma dell'imperatore Federico I nel 1163, anche se in gran parte ricostruita nel 1317. Al comune di Perugia, papa Bonifacio VIII concesse infatti la possibilità di abbattere la Chiesa di San Severo di Piazza, al fine di ampliare il Palazzo dei Priori, a patto però che la chiesa fosse ricostruita in altro luogo.
La chiesa è composta da un ambiente unico diviso in due campate coperte a crociera, secondo uno schema propriamente gotico.
La chiesa dispone di due portali, uno che si affaccia su via dei Priori, memoria dell'edificio originario, ed un secondo su via Sant'Agata, frutto del rifacimento trecentesco.
All'interno si possono ammirare numerosi dipinti di pregevole fattura, come una Crocifissione e altre opere di pittori umbri del Trecento.

Chiesa di Sant'Agostino - Corso Garibaldi
Si trova nel quartiere di Porta Sant'Angelo, in una piccola piazza laterale di corso Garibaldi.
E' una tipica chiesa gotica di ispirazione francescana (ricorda la Chiesa di Santa Chiara di Assisi), edificata fra il XIII e il XIV secolo.
La facciata è realizzata in pietre bianche e rosa e condivide il proprio carattere con altre chiese umbre, ma soprattutto perugine (Chiesa di Santa Giuliana, Chiesa di Sant'Ercolano).
L'interno è ad una sola grande navata, ristrutturata fra il XVIII e il XIX secolo, intervento che ha conferito alla chiesa uno stile tra rococò e neoclassico. Le cappelle laterali e gli affreschi risalgono ancora all'architettura originaria. Fra queste, particolarmente notevoli è la seconda di sinistra, con pitture di Pellino di Vannuccio del 1377, ma anche le due cappelle a destra dell'abside con interessanti affreschi trecenteschi di Pietro di Puccio e Allegretto Nuzi.

Chiesa di Sant'Angelo - Via Sant'Angelo
All'estremità del quartiere di Sant'Angelo, nella parte più a nord della città, adiacente alla seconda cerchia di mura, si trova la Chiesa di Sant'Angelo, un edificio a pianta centrale, costituito da due ambienti concentrici sui quali in origine si aprivano quattro cappelle disposte a croce greca. Attualmente se ne contano solamente due.
I due vani concentrici sono separati da sedici colonne, ricavate da materiale di spoglio, provenienti da edifici precedenti.
La copertura del soffitto è in legno, probabilmente così come lo era in età antica, mentre gli archi che sorreggono il tetto sono aggiunte dell'età gotica (XIV secolo), come del resto anche il portale.
Una serie di dodici finestre si dispone intorno al tamburo, secondo uno schema proprio all'architettura paleocristiana.

Cattedrale di San Lorenzo - Piazza IV Novembre
Le origini della cattedrale sono piuttosto incerte ed è molto complicato stabilire con precisione la data e le fasi di costruzione di questa chiesa. La prima cattedrale si trovava nella zona di San Pietro. Molto probabilmente nel IX secolo fu ricostruita in centro, prima a valle del luogo attuale, in seguito nel vano attualmente occupato dal transetto intorno al X secolo.
Il progetto di ricostruzione di un duomo che si sviluppasse nel senso in cui la chiesa è orientata oggi, risale al 1300, ma solamente nel 1437 l'edificio assunse la forma e le dimensioni attuali, prendendo il posto di gran parte dello spazio della piazza Grande (l'attuale piazza IV Novembre). La chiesa attuale si compone di tre navate della stessa altezza, ispirata a coevi modelli francesi, una tipologia molto diffusa in Umbria. L'esterno è rivestito di marmi nella sola parte inferiore, mentre la parte superiore resta incompiuta. L'accesso al portale principale è preceduto da un ampio basamento a gradinate. Sulla parte sinistra si staglia il monumento dedicato a Giulio III, il pontefice che restituì la magistratura ai perugini dopo la disfatta riportata durante la Guerra del Sale.
Di fianco alla statua e alla chiesa si aprono le Logge di Braccio Fortebraccio, la cui costruzione è attribuita a Fioravante Fioravanti, un mirabile esempio di architettura del protorinascimento perugino del 1432. Il portale laterale fu realizzato da Galeazzo Alessi nel 1568, mentre il bel pulpito dal quale predicò Bernardino da Siena è opera dei primi anni del Quattrocento.
L'interno è pieno di opere di rilevante interesse artistico, come la Discesa dalla Croce, capolavoro giovanile di Federico Barocci del 1569, oltre le numerose opere di Orazio Alfani. Di grande interesse religioso è una preziosa reliquia, l'Anello Nunziale della Vergine, conservato in un pregiato reliquiario posto sull'altare della Cappella del Santo Anello e venerato dai fedeli di tutta l'Italia centrale.
La canonica del duomo è invece piena di importanti riferimenti storici. Basti semplicemente pensare che al suo interno venne tenuto il conclave per l'elezione del pontefice in ben cinque occasioni.

San Domenico - Piazza Giordano Bruno
La Chiesa di San Domenico venne fondata nel 1304, con la tipica forma delle tre navate della stessa altezza. Secondo Giorgio Vasari l'edificio è stato realizzato da Giovanni Pisano. La costruzione originaria subì numerose modifiche e ristrutturazioni che in ogni caso non ne intaccarono l'eleganza, la solennità e le magnifiche proporzioni.
L'interno non è più come un tempo tempestato di ricchi arredi decorativi e suppellettili, anche se mantiene inalterato il proprio corredo di pregiati monumenti artistici. Fra le sculture si annoverano il monumento funerario di Benedetto XI, probabilmente opera di un autore umbro che si ispirò ad una scultura simile di Arnolfo di Cambio conservata nel San Domenico di Orvieto. L'Altare del Rosario è opera rinascimentale del 1459 di Agostino di Duccio.
Nel novero degli affreschi vanno menzionati quelli della Cappella di Santa Caterina, attribuiti al senese Benedetto di Bindo del 1415 circa e una serie di affreschi votivi del XIV e del XV secolo. Nella sacrestia si possono ammirare i paramenti sacri appartenuti a Benedetto XI, esempio di arte sacra di fattura umbra. Il campanile, di pianta quadrata, era un tempo sormontato da un altro ordine e da una cuspide di forma sferica, purtroppo oggi moncato nella parte superiore nel 1546, secondo alcuni perché d'ostacolo alla visuale della Rocca Paolina, secondo altri per semplici ragioni statiche. Resta pure sempre un mirabile esempio di torre campanaria gotica.

Chiesa di San Francesco al Prato e Oratorio di San Bernardino - Piazza San Francesco al Prato
Il primo Convento di San Francesco sorse precedentemente in un'altra zona della città (nei pressi di Porta Sant'Angelo), mentre alla morte del santo i frati decisero di spostarsi, edificando l'attuale chiesa fra il 1248 e il 1256. La forma è quella tipica ad un'unica navata, ispirata al grande modello della Basilica di San Francesco d'Assisi.
L'edificio sacro divenne ben presto uno dei punti di riferimento della città, ornato dei migliori capolavori realizzati dai più celebri artisti per tutto il XIII e fino al XVII secolo. Basti pensare che prima della loro trasposizione, furono realizzati per la chiesa due opere da parte di Raffaello, l'Incoronazione della Vergine e la Deposizione, oggi ambedue a Roma, rispettivamente custodite presso la Pinacoteca Vaticana e nella Galleria Borghese. Purtroppo a causa di una statica non propriamente ottimale, l'edificio ha subito numerosi restauri a partire dal XVIII secolo, poi nel XX e ancora fino ai giorni nostri.
Nei locali adiacenti alla Chiesa di San Francesco si trova l'Oratorio dedicato a San Bernardino da Siena, edificato verso la metà del XV secolo, mentre la splendida facciata è un capolavoro del grande scultore fiorentino Agostino di Duccio, realizzata nel 1457-1461.
La facciata dell'Oratorio di San Bernardino è la più compiuta opera di questo scultore, composta da una serie di bassorilievi e statue legate fra loro da un armonioso ritmo di gusto rinascimentale in cui però è possibile intravedere motivi gotici.
La varietà dei materiali (travertino, marmo di Carrara, pietra rossa di Assisi), determina una grande ricchezza dei colori, che donano grande vivacità alla visione di insieme. All'interno dell'Oratorio c'è una bella arca paleocristiana scolpita di epoca romana (IV secolo circa) in cui sono custoditi i resti del Beato Egidio, uno dei primi compagni di San Francesco.
Nell'Oratorio del Gonfalone invece, nei locali vicino la chiesa, si trova la tomba di Braccio Fortebraccio.

Chiesa e Monastero di San Pietro - Borgo XX Giugno
La tradizione designa il nobile perugino Pietro Vincioli quale fondatore della chiesa di San Pietro verso la metà del X secolo. La consacrazione ufficiale con la dedica a San Pietro avvenne nel 969.
Della struttura originaria resta solamente la parte basilicale e il colonnato interno, realizzato con materiale proveniente da siti preesistenti. Secondo alcuni critici l'impianto della chiesa potrebbe essere quello dell'antica Cattedrale di San Pietro al Monte Capraio, una struttura del VI secolo che il Vincioli avrebbe riadattato nel X.
Nel corso dei secoli varie ristrutturazioni ed aggiunte furono apportate alla struttura originaria, a partire dal XIII e dal XIV secolo, quando venne riedificata completamente la parte absidale e posto il basamento del campanile, per finire nel Quattro, Cinque e Seicento, con la realizzazione del chiostro e del cortile.
L'interno della chiesa presenta una grande varietà di pitture e sculture che vanno dal XV al XIX secolo, fra le quali spiccano le opere di Pietro Perugino e Giorgio Vasari. Di quest'ultimo sono conservate, all'interno della Cappella del Sacramento, tre importanti tele.
Alcuni scomparti della predella di Pietro Perugino, relativa alla pala realizzata per l'altare maggiore (oggi smembrata ed esibita in vari musei), sono custodite nella sacrestia.

Chiesa di San Prospero - Via San Prospero
La piccola Chiesa di San Prospero fu costruita, molto probabilmente, fra il VII e l'VIII secolo, nel luogo dove sorgeva un antico sepolcro etrusco-romano in un'area periferica rispetto il centro della città, a notevole distanza dalla cinta muraria.
Della costruzione primitiva rimangono l'impianto a navata unica, mentre la cappella sul lato destro è un'aggiunta inserita fra la fine del XII secolo e l'inizio del XIII.
All'interno si può ammirare uno splendido ciborio dell'VIII secolo, con i capitelli e la fronte scolpiti da un artista rimasto anonimo, ma ispirato da coevi esempi ravennati.
La chiesa è impreziosita da pregevoli affreschi, da considerarsi fra le più antiche testimonianze della pittura umbra presenti sul territorio. Il ciclo pittorico è firmato da Bonamico e datato 1125, come si legge in una epigrafe posta sopra l'arco di ingresso. E' la data più antica che possa essere letta nell'ambito della storia dell'arte perugina.
Anche la statua di San Prospero posta nella nicchia in fondo alla chiesa è opera antica, scolpita intorno al 1285 e opera di un collaboratore di Arnolfo di Cambio.

Chiesa di San Severo - Piazzetta San Severo in Porta Sole
La chiesa è di origine romanica, ma subì una completa ristrutturazione verso la metà del Quattrocento.
La parte più interessante è una cappella, edificio superstite del rifacimento quattrocentesco, all'interno della quale si trova l'unica opera presente a Perugia di Raffaello, la Trinità e Santi, affresco che risale al 1508.
L'affresco mostra chiaramente i segni della nuova arte monumentale del pittore di Urbino, reduce dall'esperienza maturata presso il Vaticano, dove da pochi mesi era impegnato nella decorazione della Stanza della Segnatura.
La parte inferiore è tuttavia incompleta, ma venne portata a termine dal suo maestro, il Perugino, nel 1521.

Chiesa e Convento di San Francesco al Monte - Monteripido
Il Convento dei Frati Minori Osservanti sorse nel luogo in cui il Beato Egidio, uno dei primi compagni di San Francesco, rimase in romitaggio per diversi anni. Morto il Beato Egidio nel 1262, il convento fu costruito a partire dal 1276, anche se una completa ristrutturazione è intervenuta nel 1858, in epoca moderna.
L'antica cella del Beato Egidio, situata all'esterno della chiesa, si conserva una Crocifissione, realizzata da un maestro umbro nel Trecento. Il convento, anch'esso ristrutturato, mantiene ancora intatte alcune strutture trecentesche e quattrocentesche.
Il complesso, nel suo insieme, è attualmente sede di importanti attività ed iniziative. Dal punto di vista panoramco è uno dei luoghi più suggestivi ed affascinanti di Perugia.