Polvese – Con i suoi oltre 70 ettari è la più grande delle tre isole, posizionata nella zona sud-orientale del lago Trasimeno. E’ anche la più interessante dal punto di vista naturalistico, presentando una grande varietà tipologiche di piante. Scendendo nel dettaglio è possibile distinguere un’estesa lecceta ad alto fusto, uno splendido oliveto secolare e un canneto molto esteso, meta stagionale di numerosi stormi di uccelli acquatici.
L’ampio canneto contraddistingue quella zona umida che si trova nella parte orientale e meridionale dell’isola, dove gran parte della vegetazione è costituita da piante acquatiche, come le idrofite natanti, le millefoglie d’acqua e le brasche. Nelle vicinanze dell’approdo e lungo i sentieri sorgono invece piante ornamentali, salici e pioppi e ancora tigli, tamerici, platani e acacie.
A nord dell’isola si estende un bosco composto prevalentemente da alberi tipici degli ambienti mediterranei, come il leccio, la roverella, mentre per quanto riguarda il sottobosco è possibile imbattersi nel pungitopo, nel pruno selvatico o nel biancospino.
La parte più meridionale dell’isola è invece quasi interamente coltivata, dominata dalla presenza di un oliveto che si estende per circa 40 ettari, dai quali annualmente si ottiene un olio biologico di eccellente qualità.
Sono presenti inoltre alberi da frutto e siepi di rosmarino e melograno.
Sull’isola è possibile ammirare un meraviglioso Giardino delle piante acquatiche, ideato nel 1995 per recuperare una piscina scavata interamente nella roccia e posta in una cava di arenaria completamente abbandonata.
Verso la fine della primavera è possibile ammirare la fioritura di piante insolite e delicate come le ninfee, i fior di loto e i gigli d’acqua.
Da oltre 30 anni l’isola Polvese è stata acquistata dalla Provincia di Perugia, che da allora si è adoperata per trasformarla in una enorme aula scientifico-didattica a cielo aperto, dedicata alla ricerca, all’insegnamento e alla sperimentazione ambientale.
La diffusione per quanto riguarda le più elementari nozioni ambientali e di conoscenza del territorio è assicurata dalla costante attività del personale presente sull’isola, diviso fra il lavoro sul campo e in laboratorio. La didattica interattiva con l’ambiente è garantita dall’allestimento di sentieri che illustrano la grande varietà naturalistica ed ambientale presente sull’isola, ma anche le varie attività legate alla coltivazione biologica e all’agricoltura in genere.
Nell’isola esiste un vero e proprio “Parco scientifico – Didattico”, in grado di ospitare gite e scolaresche, dotato di camere per un totale di 44 posti letto, self-service, oltre le aule, i laboratori ambientali e tanto altro materiale didattico disponibile.

Maggiore – E’ l’unica isola abitata e appartiene al Comune di Tuoro. L’agglomerato urbano dell’isola è un caratteristico villaggio che mantiene ancora oggi l’aspetto che diedero al borgo i pescatori dell’isola a partire dal XV secolo. E’ un luogo incontaminato che conserva un fascino originario, meta ogni anno di numerosi turisti in cerca dell’antico spirito del lago.
E’ anche il luogo dove S. Francesco nel XIII secolo si recò a pregare durante il suo periodo di eremitaggio. Sul luogo si trovano infatti una chiesetta ed altri elementi di devozione che identificano i vari luoghi di preghiera e di ristoro attribuiti al poverello di Assisi.
Sulla sommità dell’isola si trova la Pieve di San Michele Arcangelo, una chiesa che custodisce alcuni dipinti che vanno dal XII al XV secolo, alcuni dei quali di splendida fattura e di grande importanza.
Una curiosità è l’altra attività principale dell’isola oltre la pesca, la lavorazione artigianale del merletto d’Irlanda (o merletto dell’Isola), attività importata nell’isola da un’insegnante irlandese giunta nell’isola.

L’isola Minore è ovviamente la più piccola delle tre. È un’isola di proprietà privata, ma praticamente disabitata ed è coperta da una fitta generazione. Si eleva di circa venti metri di altezza rispetto le acque del lago e la sua superficie è di dimensioni molto ridotte.