Nel cuore del vasto ed armonioso Convento s'innalza la Chiesa gotica, dedicata a San Francesco d'Assisi, edificata nel secolo XIV. Dell'antico edificio oggi permane la bella e solenne abside gotica trecentesca; il resto del tempio, invece, è frutto del rimaneggiamento successivo, avvenuto nella seconda metà del 1800. La Chiesa ingloba, nel fianco sinistro, il mirabile Oratorio cinquecentesco dedicato alla Vergine Immacolata, innalzata dall'architetto perugino Galeazzo Alessi. Ricca un tempo di opere d'arte del PERUGINO, de LO SPAGNA e di altri pittori, venne spogliata di esse con la soppressione; tuttavia custodisce ancora affreschi del secolo XIV e numerose pale d'altare dei secoli successivi. Splende, nella parete destra, il mirabile trittico del transito di San Francesco, che il grande maestro perugino GERARDO DOTTORI dipinse nel 1923 e che egli stesso dono ai frati di questo Convento nel 1971. Accanto alla Chiesa è il quattrocentesco chiostro detto di San Bernardino; nel piano alto si può visitare, accompagnati da un frate, l'antico conventino, ove lungo un breve corridoio si affacciano le povere e disadorne celle abitate un tempo dai frati. Attraversando i Chiostri, si raggiunge l'Oratorio del BEATO EGIDIO, sorto sull'antico romitorio ove egli visse per oltre trent'anni e ove morì il 23 aprile del 1262. Nella parete, in un antico dipinto della Crocifissione è la scarna e penitente immagine di Egidio, dallo sguardo fiammeggiante.